Etter å ha tjenestegjort i Fengselsvesenet, kom Isaksen som aspirant til Ski lensmannskontor i 1969. Han gjennomgikk Politiskolen 1970-71, og ble deretter fast ansatt som lensmannsbetjent ved Ski lensmannskontor. 
 
I perioden 1982-1986 hadde Isaksen permisjon fra lensmannsbetjentstillingen i Ski for å virke som lærer i politifag ved Politiskolen. 
 
Isaksen ble ansatt som lensmann i Ski 01.03.1989. Ved sammenslåingen av Ski lensmannskontor og deler av Follo politikammer, ble Isaksen også sjef for Politiet i Ski. 
 
Isaksen ble administrasjonssjef i Follo politidistrikt i 1997, og lensmann i Oppegård fra 15.08.1999.